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影片为《侏罗纪世界》系列的完结篇，故事的开篇设定在纳布拉尔岛被摧毁的四年后。如今，恐龙在世界各地与人类共同生活、共同捕猎。这一脆弱的平衡将重塑未来，并最终决定人类能否与史上最可怕生物共享这颗星球，并继续站在食物链的顶端。
自侏罗纪世界的骚乱以来，种类繁多的恐龙在努布拉岛度过了三年无拘无束的时光。然而该岛火山活动频繁，随时有喷发的危险。致力于恐龙保护的克莱尔·戴宁（布莱丝·达拉斯·霍华德 Bryce Dallas Howard 饰）受到班杰明•洛克伍德的邀请。班杰明及其下属伊莱·米尔斯（拉菲·斯波 Rafe Spall 饰）希望她和相关技术人员前往努布拉岛拯救那里的恐龙，并将它们安置在新的栖息地。受到感染的克莱尔设法找来欧文（克里斯·帕拉特 Chris Pratt 饰）一同前往，欧文则希望救出他亲手驯养的迅猛龙小蓝。当他们踏足这座隔绝之岛时，却发现事情没那么简单。
在很久以后的未来，地面已经被污染到无法生存的程度，人类开始朝地底开发，并创造人工生命体代为劳动，没想到人工生命体反抗了人类接管了地底世界，而因为过度污染与新型态的病毒感染，原已所剩无几的人类又减损了近30%的人口，此时的人类以基因改造获得了长生，相对的也面对了自此失去生育能力的窘境，创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了找寻失落的基因密码──“繁衍”，人类望向了曾经开发的地底世界开启了探索任务，同时因学生人数骤减而被舞蹈教室裁员的碰太，参加了地底任务的征选成为了被派往地底的英雄，只身前往充满未知恐惧的地底世界，惊人的地底探险就此开始……
戴安娜（盖尔·加朵 Gal Gadot 饰）是女王希波吕忒（康妮·尼尔森 Connie Nielsen 饰）的女儿，自幼生活在天堂岛上。巨大的屏障将这座岛屿同外界的纷纷扰扰隔开犹如一个世外桃源，而岛上生活着的亦都是女性。在女武官安提奥普（罗宾·莱特 Robin Wright 饰）的教导之下，戴安娜习得了高强的武艺，而她的体内，似乎隐藏着某种强大的未知力量。
小男孩尼克（胡里奥·博希加斯 Julio Bohigas-Couto 饰）在一个风雨交加的夜晚目睹了邻居安吉尔（哈维尔·古铁雷斯 Javier Gutiérrez 饰）杀害自己妻子的场面。在和安吉尔的追逐之中，一辆车将尼克撞倒，导致了他的死亡。一晃眼多年过去，薇拉（阿德丽安娜·尤加特 Adriana Ugarte 饰）和丈夫大卫（阿尔瓦罗·莫奇 Álvaro Morte 饰）带着他们的女儿住进了尼克曾经居住过的房子。有一个电闪雷鸣的夜晚，薇拉意外的在电视里看到了尼克，让薇拉感到震惊的是，自己似乎能够通过电视和25年前的尼克对话。在薇拉的告诫之下，尼克免于一死，但过去的改变也牵连着薇拉的生活发生了巨变。大卫不再是薇拉的丈夫，而他们的女儿自然也不复存在。
