剧集分为八个单元故事，讲述马德钟所演的非常检控观带领一众团队，透过非一般的手法，为受害人寻求公义，带出非常检控观念。
三十年代的上海滩，黑帮横行、列强分割，要在这里闯出一片天，除了有实力，你还要比别人都要狠。于是，这里成了冒险家的乐园，成了机遇与成功的集散地。任鸿飞（张智霖 饰）和龙五（邵仲衡 饰）都是自幼父母双亡的孤儿，两个无依无靠的孩子成了结拜兄弟，互相帮忙着熬过了艰苦的成长岁月， 两人终于长大成人了。
明朝时期有一名女飞贼飞鹰（米雪 饰）劫富济贫，神捕陆战（元华 饰）也被她的风姿吸引，两人结合后生下一女，名叫陆拾义（周丽淇 饰），飞鹰也就此在江湖销声匿迹。长大后的拾义成为了一名女捕快，处处为百姓伸张正义，却被衙门中的男人看轻。刚好新上任的县令水东流整治官员中腐败现象，便与拾义联手破解了多宗奇案。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
何亚春（李影 饰）很早就失去了丈夫，独自将五个子女拉扯大，一家人不知道吃了多少的苦头，受了多少的委屈。拮据的经济迫使何亚春在牌馆出千，被抓后逃亡菲律宾，之后又遭奸人嫁祸，背负上了杀人的罪名锒铛入狱，为了子女，何亚春忍辱负重十八年，终于盼到了出狱的那一天。之后，她回到了香港，和子女团员的日子终于来临。
这个故事充满了情感纠葛和人生抉择的困境。洪峰（林文龙 饰）作为朴实的农民，来到广州投靠父亲生前的好友凌淑娥，却因为误会而与凌康产生了矛盾。峰决心自立，凭借出色的厨艺开始了自己的生活。然而，凌康野心勃勃，追求高干之女古晓琳，而琳却爱上了洪峰。情感的错位和复杂让局面更加扑朔迷离。事态进一步恶化，康竟然误杀了前度女友，并嫁祸于洪峰，使得洪峰陷入了绝境。为了自救，洪峰和琳逃亡到香港，但途中却失散了。因时间差异，琳取得身份证，而洪峰却成为黑市居民，两人的命运产生了天壤之别。在香港，琳投靠姑姐古冰姑丈符从富，并四处打探洪峰的下落。
海关督察浩辉（王喜 饰）负责驻守机场，他在一次行动中成功破获了一起利用人体带毒的大案，深受赞赏。与此同时，海关调查局的另外一组同事在缉拿私烟集团的行动中失手，领队的李督察更是受伤入院。于是上级将表现出色的浩辉调过来担任这组的领队。浩辉刚一上任，沙展叶天华（欧阳震华 饰）就对他的办案手法十分不满，但浩辉并没有受他影响，依然我行我素。这日，海关接到线报上次私烟集团的头目江世仁准备离境潜逃，于是浩辉带领一班部下赶往缉拿。浩辉利用自己的机智成功制服江世仁，天华乘机将他打了一顿。原来，天华的女友死跟他调查私烟集团有关，他曾发誓一定要将私烟集团彻底铲除。江世仁最终被判刑，浩辉在出庭作供时对美丽能干的检察官尚怡（谭小环 饰）产生了好感，对她大加赞赏。浩辉原以为此案终于告一段落，然而天华继续执着于调查幕后主脑以及同事们的劝说，浩辉终于又继续着手调查。一班缉私精英最后能否将幕后黑手绳之于法？
司马信（马国明 饰）为人吊儿郞当，更非常沉迷三国onlinegame。由于“诸葛亮”使他在三国online游戏界享负盛名，因此司马信一直视真正的“诸葛亮”为偶像。因为被诬陷藏毒，司马信被警方追捕至龙鼓滩。适逢一个五百年一遇的超强台风“鲨鱼”正逐渐迫近香港，黄道十二宫快要连成一线。司马信狼狈之下误岔错脚，就此跌入时光隧道……时光隧道的另一边，正是他日夜沉迷作战的三国时代，他更误打误撞来到诸葛亮（林峰 饰）隐居的卧龙村！期间又巧遇刘备（李国麟 饰）、张飞（曾伟权 饰）和周瑜（陈展鹏 饰）等各路经典人物。凭现代蛊惑怪招与偶像斗智斗力，令本来在现实生活一事无成的司马信突然脱胎换骨，亲身经历了一幕幕耳熟能详的三国历史场景，在临别秋波之前更与宫女桑柔（杨怡 饰）发生一夜情……到底君子式的忠孝仁义还是香港仔耍滑头是取胜之道，一个充满惊喜的新三国时代即将来临……... (展开全部)
高等法院暂委法官言惠知（佘诗曼 饰）正值事业高峰，但一宗案件令她人生逆转。为阻止社会出现更多“恶魔少年”，言官不惜放弃前途，主动降职担任少年法庭的裁判官。面对一宗又一宗严重的少年案件，她择善固执，坚持正义，也要救赎这些脱轨少年的人生。
这次故事的舞台发生在海关入境处。作为入境处总入境助理的方浚杰（郭晋安 饰）一直以来都安于现状，因为曾经和上司麦启铭（姜大伟 饰）发生过冲突，对升值也不再抱有希望。和在深圳相识的内地女子张思敏（姚嘉妮 饰）结婚，终于等来了申请成功，本以为就此可以一家团聚的浚杰，却因为大嫂对妻子的排挤，矛盾颇多。为家务事烦恼的浚杰接到了更大噩耗是，妻子居然多年前曾在香港犯案，这让正义感颇强的浚杰无法接受。在妻子离开的过程中，浚杰的同期好友叶安琪（蒙嘉慧 饰）对他照顾有加，在这当中，浚杰同安琪的感情在滋长。而后，浚杰又认识了港口管制组入境主任欧顺风（邓健泓 饰），从误会到冰释前嫌，二人迅速结为好友。而浚杰也也迎来了其事业的转机…
留美科学家蒋晋(陈欣健)，终日埋首研究复制人，其妻无法忍受，决定携子下堂求去，蒋晋无法挽回，竟将儿子嘉伟(梁朝伟)复制，交给妻子带回香港。后来，蒋晋亦携子回港发展，与女医生程诗华(欧阳佩珊)合作开诊所。诗华自幼在孤儿院长大，后得电脑奇才刘汉忠(冯淬帆)帮助，完成医科课程。诗华除有自己诊所外，亦担任儿童院的义务医生。儿童院内有一性格孤僻之少年张嘉伟(梁朝伟)，诗华觉他与自己童年时很相似，逐决心开导他。原来张嘉伟即蒋晋的复制儿子，原来其母去世后，他举目无亲，被送入孤儿院。院内另有一少年黄大勇，性情顽劣，诗华对他亦循循善诱。时刘汉忠与蒋晋正秘密研制复制人，一日，黄大勇撞车受重伤，两人见大勇将死，遂复制他作试验。期间，蒋晋亦发现了张嘉伟乃其复制儿子，更发觉他为人纯品、敦厚老实，与其自小缺乏教导，误入歧途的亲生儿子实有天壤之别。究竟蒋晋最后如何面对这两个儿子，而当复制儿子知道事实后，又如何面对自己的身分呢？
