随着突如其来的“放逐”，命运之轮再次开启。亚历克·尤格雷特是暗中支持皇太子雷古勒斯·加尔达纳的宫廷魔法师。他本应被限制在“辅助魔法”领域，以保护孱弱的雷古勒斯，但突如其来的放逐让他失业了。然后，在亚历克斯出现之前，尤尔哈·艾森茨出现了，他是在魔法学院时期与他并肩作战的传奇队伍“永恒之时”的伙伴。“我们需要你的力量！”传奇队伍重聚，新的故事开始了。让我们开启新的传奇。延续那一天。无尽的日子（Ruby：永恒之时）！
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
