一千年前，血月当空，空间裂缝开启，怪兽时代降临！无数怪兽，肆虐全球，就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻，兽魂师的诞生，给全人类带来了希望的曙光，伴随着兽魂师的一代代传承和发展，人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵！
酋长马拉库达的儿子本应成为一名真正的战士，但他却完全不懂狩猎，令父亲大失所望。马拉库达独自一人进入森林，找到了神鸟叮叮，叮叮赋予他理解动物和鸟类语言的天赋。马拉库达和叮叮满载而归。小男孩并不知道，根据传统，为了部落的繁荣，必须牺牲这只神鸟。
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炎热的假期，男孩里奇（查理·罗 Charlie Rowe 饰）和妹妹跟随身为考古学家的叔叔（Karl Urban 饰）来到了辽阔壮丽的阿拉斯加，体验一次难得的寻访史前动物的旅程。在森林中，他受到一只乌鸦的指引，竟然穿越时空来到了七千万年前的白垩纪中期。在某个厚鼻龙家族中，小家伙派西（Justin Long 配音）刚刚出生就被伤齿龙在脑袋上开了一个大洞，幸运活下来的他注定拥有传奇的一生。时光荏苒，派西和伙伴们一天天长大，他也偶然邂逅令之心动的女孩裘妮波（Tiya Sircar 配音）。厚鼻龙家族的大迁徙开始，但从旅途之处便伴随着大火和猎杀。
