“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
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公元2458年，地球与火星引力环移民，为了火星稀土征收事件，在月球空域爆发战争。在双方均付出惨痛代价后，火星与地球终止一切交流，开启了短暂的和平。零战时代，除了火星的威胁外，由月球罪犯组成的宇宙海盗，日益猖獗。一百多年的和平在西元2588年终结。在月球城邦爆发新型流感H1Z1而束手无策时，隔绝已久的火星释出善意，派出医疗舰前往月球进行人道救援。没想到，此次虚假的援助，竟然是进攻的开始。月球城邦军节节败退，引力环接连失守。月球军凭借着月球机密兵器——凯能的力量，抵挡了宇宙海盗的侵略性攻击，成功守住疆土。虽牺牲重大但仍度过了被破城的危机。西元2589年，火星军无视停战协议卷土重来，对与地球的连合国协展开攻，月球军派出凯能部队支援地球军。战斗陷入白热化胶着状态，宇宙海盗、月球城邦以及地球被推向面临同归于尽的残酷战局。
世王集齐了世言铠，恢复了往昔的强大力量，他企图违背自然规律，加速进化进程，让“毁灭之力”席卷世界。灵犀令牌被毁，十阶冲破封印在即，黑暗再次降临。为了拯救人类世界和叶罗丽仙境，叶罗丽战士们不畏艰险，勇敢回到了自然之力充沛的远古仙境，向当时正处于力量强盛期的仙子们寻求帮助，与此同时，灵犀阁也开始行动，设法解救被薇夫人控制的伙伴们，并牵制住十阶。面对强大的灾难，人类并没有被打倒，而是选择凭借智慧和勇气，齐心协力应对挑战。人类与仙子们团结起来，一场关于爱与守护的终极决战即将打响！
