这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
奥莉薇（长江里加 配音）是学校里新来的转校生，金发碧眼的她生得一副标准的外国人面孔，但实际上，无论是出生和成长都在日本境内的她，根本就一丁点英语都不会说。野村香纯（小原好美 配音）拥有着过人的智商，在几乎全部的学科上都是头筹的位置，但偏偏对英语这门科目不感冒，不只是不感冒，香纯的英语成绩只能用惨不忍睹来形容。奥莉薇的出现让香纯看到了希望，她打算拜托对方帮自己补习英语。本田华子（木野日菜 配音）看上去有些呆呆的，常常会做出一些傻事，但成绩却意外的不错，对现充生活充满了憧憬的她，却同奥莉薇和香纯一起，被拉入了游戏的世界之中。
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自从Toru开始住在Shigo家已经一年了。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
